水箱自潔消毒器應根據二次供水箱（池）容積和形狀選擇單臺或多臺均勻布置，根據實際情況選擇其處理量和安裝方式。水箱自潔消毒器按安裝位置分內置式和外置式。

外置式水箱消毒器用于微生物（如菌藻）滋生水質的凈化處理，其原理在于經消毒器電解處理后，水中細菌和藻類的生態環境發生變化，生存條件喪失而死亡。

內置式紫外線殺菌器的原理是氧氣通過高頻高壓電場，使氧轉化為臭氧，并及時與水混合，利用臭氧的強氧化作用，殺滅水中的細菌。殺滅細菌效果濃度，可以通過改變進水壓力、氣量、電流等調節來達到。由于臭氧在水中的氧化還原電位為 2.07v，比氯（1.36v）高，所以在臭氧量僅為氯的萬分之一時，滅菌效果比氯及其它藥劑快600-3000倍，數秒內可殺死細菌。